Sùi mào gà có thời gian ủ bệnh khá dài từ 2 đến 9 tháng. Trong suốt thời gian ủ bệnh và giai đoạn đầu của bệnh thường có dấu hiệu rất mơ hồ nên người bệnh khó phát hiện bệnh kịp thời. Sùi mào gà có những chuyển biến qua từng giai đoạn:
Giai đoạn đầu

Sau thời gian dài ủ bệnh, người mắc sùi mào gà sẽ thấy xuất hiện những nốt sùi nhỏ, mềm và nhô cao có đường kính khoảng 1-2 mm. Bề mặt các nốt sần có hình đĩa bẹt hoặc hình tròn nhỏ, khô ráp khiến người bệnh khó chịu. Sùi mào gà ở nam giới là những nốt mẩn, u nhú mềm, có đầu nhân nhọn và dần sẽ mọc to hơn. Nếu mắc sùi mào gà ở bộ phận sinh dục thì những nốt sần sẽ xuất hiện ở dây hãm, rãnh bao quy đầu, dương đâu, bìu…
Giai đoạn sau
Trải qua gia đoạn đầu, bệnh sẽ ngày càng xuất hiện rõ rệt hơn, những nốt sần ngày càng to hơn, liên kết với nhau tạo thành hình mào gà, súp lơ. Những mảng sùi mào gà ngày càng lớn và gây khó khăn cho người bênh. Nếu bị trầy xước, người bệnh thường bị ngứa, chảy máu và có mùi hôi khó chịu và dễ lây lan. Khi bước qua giai đoạn này khả năng chữa hết bệnh hoàn toàn khá thấp vì vậy người bệnh cần chú ý phát hiện bệnh kịp thời và điều trị ở giai đoạn đầu.